学部（本科）与大学院（修士）学费体系基本一致，仅少数专业修士阶段稍高。国公立大学学费统一标准：入学金28.2万日元，年授课费53.58万日元，合计每年约4万元人民币，全国差价极小。公立大学略高于国立，每年约4.5万元。私立大学差异悬殊：文科每年4-6万元，理工科6-10万元，医科、艺术类可达10-20万元。多数学校设有学费减免制度，最高可全免。